L'Assemblée générale se réunit tous les ans. Elle est composée des représentants des Eglises et des CIOM. Comme dans toutes les associations, c'est elle qui détermine les grandes orientations. Elle se prononce également sur les demandes d'adhésions déposées par les Eglises et les association qui souhaitent faire partie de la FPF.

• Rapport d'orientation du président
• Recommandations
• Nouveaux membres de la Fédération protestante de France