La Fédération protestante de France est localement constituée en pôles qui déclinent les orientations du Conseil dans ses actions de service, de relation et de représentation.
Ce maillage territorial est essentiel afin qu’une vraie dynamique relationnelle soit établie, afin de permettre une présence et une visibilité accrues de la Fédération Protestante sur le plan local/régional.

Actuellement, la Fédération Protestante de France est composée de 14 pôles.