La Fédération protestante de France est présente au cœur de la société par ses quatre aumôneries : au sein des Armées françaises, dans les établissements pénitentiaires, les établissements sanitaires et médico-sociaux et les aéroports.
Elle agit et communique par ses services : le Service des Relations avec les Églises Chrétiennes, le Service Télévision et le Service Communication.