Les commissions travaillent sous l’autorité du Conseil et sont divisées en deux :
- Les commissions d’accompagnement des services ont pour premier soin d’aider le responsable de service à accomplir son ministère. Elles doivent ensuite veiller à ce que le service persévère dans un fonctionnement fédératif.
- Les commissions du Conseil fournissent au Conseil matière à réflexion, chacune sur un thème spécifique.
Ces commissions, de manière générale, sont composées de manière à refléter la diversité des composantes de la FPF. Mais en raison du nombre des membres de la FPF, il est exclu que, par exemple, chaque Union d’Églises soit représentée dans les commissions. Pour des raisons d’efficacité et de coût, le nombre des membres est limité (en général, entre 5 et 12 membres). La compétence et l’engagement personnel prévalent sur la représentativité.
Le président et le secrétaire général de la FPF sont membres de droit des commissions.