Les aumôneries, instituées dans certains établissements publics, sont une traduction concrète de l'obligation pour l'État de garantir la liberté religieuse.
L’État doit permettre à chacun de pratiquer son culte en assistant aux cérémonies ou en suivant l’enseignement propre à sa croyance. Si un croyant est retenu dans un établissement géré par l’État, il doit pouvoir pratiquer son culte au sein de cet établissement. C’est pourquoi la loi de 1905 prévoit la mise en place d’aumôneries dans les hôpitaux, les prisons et les lycées, c’est-à-dire dans des lieux qui possèdent un internat qu’on ne peut pas quitter. Son article 2 qui interdit toute subvention à un culte prévoit que "pourront toutefois être inscrites auxdits budgets les dépenses relatives à des services d’aumônerie et destinées à assurer le libre exercice des cultes dans les établissements publics tels que lycées, collèges, écoles, hospices, asiles et prisons".
Les aumôneries protestantes sont des services de la Fédération protestante de France. Le statut et le fonctionnement des aumôneries varient selon les institutions.
Les aumôniers sont proposés par les aumôniers nationaux aux instances des organismes publics auprès desquels ils seront affectés, sur recommandation des responsables d'Églises membres de la Fédération protestante.
L'Aumônerie protestante aux Armées (APA)
L'Aumônerie protestante aux Armées est un service commun des Eglises, chargé en leur nom et sous la responsabilité de la Fédération Protestante de France, d'assurer le ministère de l'Evangile auprès des militaires et, le cas échéant, de leur famille en accord avec les instances concernées.
L'Aumônerie des établissements sanitaires et médico-sociaux (AESMS)
Le service AESMS, c'est des femmes et des hommes qui portent le projet collectif et fédératif d’assurer, au nom de leur foi au Dieu de Jésus-Christ, un accompagnement de qualité humain, spirituel et religieux auprès des personnes hospitalisées ou résidentes qui le souhaitent dans des établissements sanitaires et médico-sociaux (ESMS) qui le souhaitent.
L'aumônerie générale est le vis-à-vis permanent de la Chancellerie et de l'administration pénitentiaire. Elle désigne ses aumôniers issus des différentes branches du protestantisme, soit environ 300 personnes, intervenant dans les établissements de métropole et d'outre-mer.
Aumônerie protestante aux aéroports
L’Aumônerie protestante aux aéroports ne couvre que les aéroports parisiens de Paris-Charles-de-Gaulle, de Paris-Orly et de Paris-Le Bourget avec plus de 101millions de passagers accueillis dans les trois plateformes, sans compter les dizaines de milliers de personnels des diverses sociétés qui œuvrent dans ces aérogares.